Direct bacterial identification from positive blood cultures using matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometry: A systematic review and meta-analysis / Identificación bacteriana directa a partir de hemocultivos positivos usando espectrometría de masas MALDI-TOF (matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight): una revisión sistemática y metaanálisis

INTRODUCTION: The rapid identification of bacteraemia-causing pathogens could assist clinicians in the timely prescription of targeted therapy, thereby reducing the morbidity and mortality of this infection. In recent years, numerous techniques that rapidly and directly identify positive blood cultures have been marketed, with matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) being one of the most commonly used. METHODS: The aim of this systematic review and meta-analysis was to evaluate the accuracy of MALDI-TOF (Bruker(R)) for the direct identification of positive blood culture bottles. RESULTS: A meta-analysis was performed to summarize the results of the 32 studies evaluated. The overall quality of the studies was moderate. For Gram-positive bacteria, overall rates of correct identification of the species ranged from 0.17 to 0.98, with a cumulative rate (random-effects model) of 0.72 (95% CI: 0.64-0.80). For Gram-negative bacteria, correct identification rates ranged from 0.66 to 1.00, with a cumulative effect of 0.92 (95% CI: 0.88-0.95). For Enterobacteriaceae, the rate was 0.96 (95% CI: 0.94-0.97). CONCLUSION: MALDI-TOF mass spectrometry shows high accuracy for the correct identification of Gram-negative bacteria, particularly Enterobacteriaceae, directly from positive blood culture bottles, and moderate accuracy for the identification of Gram-positive bacteria (low for some species)

INTRODUCCIÓN: La identificación rápida de los patógenos causantes de bacteriemia orienta a los clínicos a prescribir con mayor celeridad un tratamiento dirigido y reducir así la morbimortalidad de dicha infección. Durante los últimos años, han aparecido en el mercado numerosas técnicas con la intención de cubrir esta necesidad, que logran una identificación rápida y directa a partir de los frascos de hemocultivos positivos. La espectrometría de masas matrix-assisted laser desorption/ionization with time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) es una de las tecnologías más utilizadas en este campo. MÉTODOS: El objetivo de ese estudio es realizar una revisión sistemática y metaanálisis que evalúe la precisión de MALDI-TOF MS (Bruker) para la identificación directa a partir de frascos de hemocultivos positivos. RESULTADOS: El metaanálisis fue realizado para sintetizar los resultados de los 32 estudios evaluados. La calidad total de los estudios fue moderada. Para las bacterias grampositivas, el ratio total de identificaciones correctas a nivel de especie fue del 0,17 al 0,98 con un ratio acumulativo (modelo de efectos aleatorios) de 0,72 (IC 95%: 0,64-0,80). Para las bacterias gramnegativas, el rango de identificaciones correctas fue del 0,66 al 1,00 con un efecto acumulativo de 0,92 (IC 95%: 0,88-0,95), llegando a un 0,96 (IC 95%: 0,94-0,97) en Enterobacteriaceae. CONCLUSIONES: La espectrometría de masas MALDI-TOF muestra una alta precisión para la correcta identificación de bacterias gramnegativas realizada directamente a partir de los frascos de hemocultivos positivos, siendo mayor en el grupo de las enterobacterias. Para grampositivas, la precisión es moderada, llegando a ser baja para alguna especie

Executive summary: Diagnosis and Treatment of Catheter-Related Bloodstream Infection: Clinical Guidelines of the Spanish Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (SEIMC) and the Spanish Society of Intensive Care Medicine and Coronary Units (SEMICYUC) / Resumen ejecutivo del documento de consenso sobre diagnóstico y tratamiento de la bacteriemia relacionada con catéter: Guía de Práctica Clínica de la Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas (SEIMC) y de la Sociedad Española de Medicina Intensiva Crítica y Unidades Coronarias (SEMICYUC)

Catheter-related bloodstream infections (CRBSI) constitute an important cause of hospital-acquired infection associated with morbidity, mortality, and cost. The aim of these guidelines is to provide updated recommendations for the diagnosis and management of CRBSI in adults. Prevention of CRBSI is excluded. Experts in the field were designated by the two participating Societies (Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica and the Sociedad Española de Medicina Intensiva, Crítica y Unidades Coronarias). Short-term peripheral venous catheters, non-tunneled and long-term central venous catheters, tunneled catheters and hemodialysis catheters are covered by these guidelines. The panel identified 39 key topics that were formulated in accordance with the PICO format. The strength of the recommendations and quality of the evidence were graded in accordance with ESCMID guidelines. Recommendations are made for the diagnosis of CRBSI with and without catheter removal and of tunnel infection. The document establishes the clinical situations in which a conservative diagnosis of CRBSI (diagnosis without catheter removal) is feasible. Recommendations are also made regarding empirical therapy, pathogen-specific treatment (coagulase-negative staphylococci, Sthaphylococcus aureus, Enterococcus spp, Gram-negative bacilli, and Candida spp), antibiotic lock therapy, diagnosis and management of suppurative thrombophlebitis and local complications (AU)

La bacteriemia relacionada con catéteres (BRC) constituye una causa importante de infección hospitalaria y se asocia con elevada morbilidad, mortalidad y costo. El objetivo de esta guía de práctica clínica es proporcionar recomendaciones actualizadas para el diagnóstico y el tratamiento de la BRC en pacientes adultos. De este documento se excluye la prevención de la BRC. Expertos en la materia fueron designados por las 2 sociedades participantes (Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica y Sociedad Española de Medicina Intensiva, Crítica y Unidades Coronarias). Los catéteres venosos periféricos a corto plazo, los catéteres venosos centrales no tunelizados y de largo plazo, los catéteres tunelizados y los catéteres de hemodiálisis están incluidos por estas guías. El panel identificó 39 temas claves que fueron formulados de acuerdo con el formato PICO. La fuerza de las recomendaciones y la calidad de la evidencia se clasificaron de acuerdo con las directrices de la ESCMID. Se hacen recomendaciones para el diagnóstico de BRC con y sin extracción de catéter y de la infección en túnel. El documento establece las situaciones clínicas en las que es factible un diagnóstico conservador de CRBSI (diagnóstico sin retirada de catéter). También se hacen recomendaciones con respecto a la terapia empírica, el tratamiento específico según el patógeno identificado (estafilococos coagulasa negativos, Staphylococcus aureus, Enterococcus spp, bacilos gramnegativos y Candida spp), la terapia con sellado del catéter, el diagnóstico, así como el tratamiento de la tromboflebitis supurativa y las complicaciones locales (AU)

Identificación y determinación de sensibilidad a antibióticos de aislados de hemocultivos a partir de subcultivos de corta incubación / Identification and antimicrobial susceptibility testing of positive blood culture isolates from briefly incubated solid medium cultures

Introducción: La espectrometría de masas Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization Time-of-Flight(MALDI-TOF) permite la identificación rápida de los microorganismos causantes de bacteriemia. Se requieren métodos fiables y rápidos que permitan acortar el tiempo necesario hasta disponer de los resultados de sensibilidad a antibióticos de los aislados de hemocultivos. Métodos: Se evalúa la fiabilidad de un método que combina la identificación con MALDI-TOF y el estudio de sensibilidad en paneles de microdilución inoculados a partir de un subcultivo incubado durante solo 4h. Resultados: La concordancia de los resultados de sensibilidad a antibióticos de la técnica evaluada frente a la técnica de referencia fue del 99,3%, sin que se observaran errores máximos. Conclusión: La inoculación de paneles de microdilución a partir de un subcultivo de solo 4h de incubación es un método fiable y fácil de realizar que permite acortar el tiempo de informe de hemocultivos positivos (AU)

Introduction: Mass spectrometry Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization Time-of-Flight (MALDI-TOF) helps in the rapid identification of microorganisms causing blood stream infection. Rapid and reliable methods are required to decrease the turnaround time for reporting antimicrobial susceptibility results from blood culture isolates. Methods: An evaluation was performed on the reliability of a method for antimicrobial susceptibility testing of positive blood culture isolates from briefly incubated solid medium cultures. Results: The agreement between the evaluated and standard methods was 99.3%. The major and minor error rates were 0.4% and 0.3%, respectively, and no very major errors were observed. Conclusion: The inoculation of briefly incubated solid medium cultures into antimicrobial susceptibility testing panels is an easy and reliable technique, and helps to decrease the turnaround time for reporting antimicrobial susceptibility results of positive blood cultures (AU)

Executive summary of the diagnosis and treatment of urinary tract infection: Guidelines of the Spanish Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (SEIMC) / Resumen ejecutivo del diagnóstico y tratamiento de las infecciones del tracto urinario. Guía de la Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica (SEIMC)

Most urinary tract infections (UTI) are uncomplicated infections occurring in young women. An extensive evaluation is not required in the majority of cases, and they can be safely managed as outpatients with oral antibiotics. Escherichia coli is by far the most common uropathogen, accounting for >80% of all cases. Other major clinical problems associated with UTI include asymptomatic bacteriuria, and patients with complicated UTI. Complicated UTIs are a heterogeneous group associated with conditions that increase the risk of acquiring infection or treatment failure. Distinguishing between complicated and uncomplicated UTI is important, as it influences the initial evaluation, choice, and duration of antimicrobial therapy. Diagnosis is especially challenging in the elderly and in patients with in-dwelling catheters. The increasing prevalence of resistant uropathogens, including extended-spectrum β-lactamases and carbapenemase-producing Enterobacteriaceae, and other multidrug-resistant Gram-negative organisms further compromises treatment of both complicated and uncomplicated UTIs. The aim of these Clinical Guidelines is to provide a set of recommendations for improving the diagnosis and treatment of UTI

La mayoría de infecciones del tracto urinario (ITU) son infecciones no complicadas que se presentan en mujeres jóvenes. En la mayoría de los casos no se requieren pruebas diagnósticas complementarias y se pueden tratar ambulatoriamente de forma segura con antibióticos por vía oral. Escherichia coli es el uropatógeno más frecuente causando más del 80% de estas infecciones. La bacteriuria asintomática (BA) y las ITUs complicadas son otras formas de presentación de la ITU. Las ITU complicadas son un grupo heterogéneo de condiciones que incrementan el riesgo de adquisición de la infección o de fracaso del tratamiento. La distinción entre ITU complicada y no complicada es fundamental para decidir la evaluación inicial del paciente, la elección del antimicrobiano y la duración del mismo. El diagnóstico es especialmente difícil en ancianos y en pacientes con sondaje permanente. El incremento de cepas resistentes a los antibióticos, especialmente Enterobacterías productoras de beta-lactamasas de espectro extendido y de carbapenemasas y de otros Gram negativos multirresistentes, dificultan la elección del tratamiento de las ITU complicadas y no complicadas. El objetivo de esta guía clínica es proporcionar recomendaciones basadas en la evidencia para mejorar el diagnóstico y tratamiento de las ITU

How to assist clinicians in improving antimicrobial prescribing: Tools and interventions provided by stewardship programs / Cómo ayudar a los clínicos a mejorar la prescripción de antimicrobianos: herramientas e intervenciones proporcionadas por los programas de optimización

In the last decade, there has been an exponential increase in the microorganisms resistant to antimicrobials and a significant increase in the cost of these types of drugs. This phenomenon has increased interest in the development of interventions for counseling on and control of the use of antimicrobials, referred to as stewardship programs. In this article we review, from various points of view, the tools that have been developed with this purpose. First, we highlight the value of locally adapted guidelines and clinical pathways as an essential part of the operational process. Then we emphasize the importance of the relationship between microbiologists and clinicians for the accurate transmission of the information provided by blood cultures to make the most appropriate choice of antimicrobial for the patient's treatment. We also review the computerized tools that have facilitated the correct use of antimicrobials according to the controls established by the departments of pharmacy. Based on the previous tools, some programs based on 'bedside recommendations' provided by multidisciplinary teams have been developed for optimizing the rational use of antimicrobials (PROA programs). Finally, we comment on the peculiarities of the programs targeting antifungals that have been developed in recent years

En la última década se ha producido un aumento exponencial de los microorganismos resistentes a antimicrobianos y un notable aumento en el coste de estos fármacos. Esto ha hecho que aumente el interés por la aplicación de diferentes intervenciones de asesoramiento y control del tratamiento antimicrobiano. En este artículo se revisan, desde diferentes puntos de vista, las herramientas que se han desarrollado con este propósito. En primer lugar destacamos la importancia de las directrices y de las guías clínicas, adaptadas localmente, como pieza esencial de este tipo de programas. También destacamos la importancia de la relación entre microbiólogos y clínicos para una rápida transmisión de la información obtenida del resultado de los hemocultivos al clínico responsable para la adecuación del tratamiento antimicrobiano empírico. Se revisan las herramientas informáticas que han facilitado el empleo correcto de los antimicrobianos de acuerdo con el control establecido por los servicios de farmacia. Asentados sobre las herramientas citadas previamente se han desarrollado programas centrados en recomendaciones 'a pie de cama' provistos por equipos multidisciplinarios, con el propósito de optimizar el tratamiento antimicrobiano (programas PROA). Por último se comentan las peculiaridades de los programas dirigidos al control de antifúngicos que se han desarrollado en los últimos años

Diagnóstico microbiológico de las infecciones del sistema nervioso central / Microbiological diagnosis of central nervous system infections

Las infecciones del sistema nervioso central presentan una elevada mortalidad y morbilidad. A pesar de los avances en el diagnóstico y tratamiento, estos valores continúan siendo altos. Pueden ser causadas por diferentes microorganismos, incluyendo bacterias, virus, hongos y protozoos. Su presentación clínica puede ser en forma de meningitis, encefalitis, abscesos cerebral o epidural, o infecciones de las derivaciones de líquido cefalorraquídeo. El curso clínico puede ser agudo, subagudo o crónico dependiendo del organismo causal y de la localización de la infección. Los viajes suponen un riesgo de infección por agentes no autóctonos como robovirus y arbovirus, y se necesitan nuevos métodos diagnósticos y terapéuticos. Para mejorar el pronóstico de estos pacientes se necesitan métodos de diagnóstico rápido, así como tratamiento antimicrobiano temprano y dirigido. Las técnicas de detección de antígeno y particularmente el diagnóstico genético mediante amplificación de ácidos nucleicos (PCR y otros) han supuesto un notable avance y mejora. En este trabajo se presentan las consideraciones clínicas y los procedimientos diagnósticos de infecciones en el sistema nervioso central (AU)

The infections of the central nervous system are associated with high morbidity and mortality. Several agents including bacteria, viruses, fungi and protozoa can invade the CNS. They are different clinical presentations of these infections: meningitis, encephalitis, brain and epidural abscesses and cerebrospinal fluid shunt infections. The clinical course could be acute, subacute or chronic depending on the infecting agent and the location of the infection. The travelling entails a risk of infection by exotic agents of meningo-encephalitis such as robovirus and arbovirus, which require new diagnostic and therapeutic methods. Despite some progress in the treatment of the CNS infections, the mortality is usually high. Rapid diagnosis and emergent interventions are necessary to improve the outcome of those patients, and early and targeted antimicrobial treatment and support measures are of paramount importance for a favourable clinical patietn outcome. The antigen detection techniques and particularly those of genetic diagnosis by amplification (PCR and others) have advanced, and improved the diagnostic of those diseases. In this paper the clinical signs and symptoms and diagnostic procedures of CNS infections are presented (AU)

Actividad de fosfomicina sobre cepas de Escherichia coli y Klebsiella pneumoniae productoras de betalactamasas de espectro extendido / Activity of fosfomycin against extended-spectrum â-lactamase producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae

Introducción. Las infecciones por enterobacterias productoras de betalactamasas de espectro extendido (BLEE) son un problema emergente en la comunidad y un alto porcentaje de estos aislamientos son causa de infección no complicada del tracto urinario (ITU). El perfil de multirresistencia que expresan estas cepas limita las alternativas para el tratamiento oral de las ITU comunitarias. Material y métodos. Se determinó la actividad de fosfomicina (FOS) frente a 428 cepas productoras de BLEE, 290 (68%) Escherichia coli y 138 (32%) Klebsiella pneumoniae, comparándola con la de amoxicilina-ácido clavulánico (AMC), ciprofloxacino (CIP) y cotrimoxazol (SxT). Las concentraciones inhibitorias mínimas (CIM) de AMC, CIP, SxT y la detección de BLEE se determinaron mediante técnica de microdilución y la CIM de fosfomicina mediante técnica de dilución en agar. Las BLEE fueron caracterizadas mediante isoelectroenfoque, reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y secuenciación de los genes codificantes, y la relación genética de los aislamientos fue determinada mediante secuencias extragénicas palindrómicas repetidas (REP)-PCR. Resultados. Entre las 428 cepas estudiadas, 417 (97,4%) resultaron sensibles a fosfomicina (CIM ≤ 64 ìg/ml). La tasa de resistencia de E. coli fue del 0,3%, muy inferior a la de AMC (11,7%); mientras que en K. pneumoniae la tasa de resistencia a FOS fue del 7,2%, igual que a AMC. Las tasas de resistencia a CIP y SxT fueron en ambos casos próximas al 50%. No se encontraron diferencias en la actividad de fosfomicina frente a cepas que expresaban diferentes familias y tipos de BLEE. Conclusión. Fosfomicina mantiene su actividad frente a cepas productoras de BLEE y no presenta resistencia cruzada con otros grupos de antimicrobianos (AU)

Introduction. Infection due to extended-spectrum â -lactamase (ESBL)-producing microorganisms is an emerging problem in the community; a high proportion of these microorganisms have been isolated from urine samples of women with uncomplicated urinary tract infections (UTI). The options for oral treatment of uncomplicated UTI are limited because of the multiple drug resistance typical of ESBL-producing strains. Methods. The in vitro activity of fosfomycin (FOS) was determined against 428 ESBL-producing strains, including 290 (68%) E. coli and 138 (32%) K. pneumoniae. Activity of fosfomycin was compared with that of amoxicillin-clavulanate (AMC), ciprofloxacin (CIP) and cotrimoxazole (SxT). MICs of AMC, CIP, and SxT, and detection of ESBL production were tested by the broth microdilution method, whereas FOS MICs were determined by the agar dilution method. ESBLs were characterized by isoelectric focusing, polymerase chain reaction (PCR) and direct sequencing of encoding genes. The genetic relationship among the isolates was determined by REP-PCR. Results. Among the 428 ESBL-producing isolates studied, 417 (97.4%) were susceptible to FOS (MIC ≤ 64 ìg/mL). The resistance rate of E. coli to FOS was 0.3%, and was lower than resistance to AMC (11.7%), whereas the resistance rate of K. pneumoniae was 7.2% and was equal to resistance to AMC. SxT and CIP were the least active antibiotic agents against ESBL-producing isolates (sensitivity < 50%). There were no differences in fosfomycin activity against strains expressing different types of ESBLs. Conclusion. Fosfomycin showed maintained activity against ESBL-producing strains and did not present co-resistance with other antimicrobial groups (AU)

Diagnóstico microbiológico de la infección del tracto urinario / Microbiological diagnosis of urinary tract infections

El diagnóstico definitivo de la infección del tracto urinario (ITU) se realiza por cultivo cuantitativo de orina. Tradicionalmente se ha considerado que la presencia en orina de 100.000 o más bacterias/ml representa una bacteriuria significativa, indicativa de ITU. Sin embargo, este criterio sólo es aplicable a ciertos grupos de población y actualmente no se puede considerar un criterio absoluto. La presencia "real" de cualquier número de bacterias en orina puede representar una ITU cuando existen síntomas específicos y piuria. En los últimos años se han comercializado diferentes sistemas automáticos que, adaptando técnicas clásicas de diagnóstico, permiten descartar de forma rápida la existencia de ITU, aunque su utilidad clínica es controvertida. Los nuevos medios de cultivo cromogénicos permiten asimismo la identificación directa de los uropatógenos en el medio y, sobre todo, facilitan enormemente la detección de cultivos polimicrobianos. Del mismo modo, hay sistemas automáticos que permiten obtener resultados de identificación y sensibilidad en el día. Sin embargo, la continua aparición de nuevos fenotipos de resistencia ha obligado a modificar el modelo de antibiograma que se venía realizando a los uropatógenos clásicos, por lo que se requieren técnicas especiales para su detección y caracterización. La interpretación correcta del antibiograma, en estos casos, resulta fundamental para detectar estos fenotipos y conseguir el éxito terapéutico

Definitive diagnosis of urinary tract infection (UTI) is performed through quantitative urine culture. Traditionally the presence of 100,000 or more bacteria/ml in urine has been considered to represent significant bacteriuria, indicating UTI. However, this criterion is only applicable to certain population groups and cannot currently be considered an absolute criterion. The "real" presence of any number of bacteria in urine can represent a UTI when there are specific symptoms and pyuria. In the last few years various automatic systems have been introduced onto the market which, by adapting classical diagnostic techniques, allow the presence of a UTI to be rapidly ruled out, although their clinical utility is controversial. In addition, the new chromogenic culture media allow direct identification of uropathogens and, in particular, are of enormous help in the detection of polymicrobial cultures. Likewise, automatic systems can provide results on identification and sensitivity to be obtained in a single day. However, because new phenotypes of resistance are continually appearing, the antibiogram model used with classical uropathogens has had to be modified, requiring special techniques for pathogen detection and characterization. Correct interpretation of the antibiogram in these cases is essential to detect these phenotypes and achieve therapeutic success

Prevención de la infección neonatal por Streptococcus agalactiae. Un tema consolidado / Prevention of neonatal infection by Streptococcus agalactiae. A firmly-established topic

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Nódulo pulmonar solitario producido por Brucella melitensis / Solitary lung nodules produced by Bruccella melitensis

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Efecto de la incubación retardada de frascos de hemocultivos en la detección de crecimiento bacteriano con el sistema Bact/Alert 3D / Effect of delayed incubation of blood culture bottles in detecting bacterial growth with the Bact/Alert 3D system

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